Родился 20 марта 1836 в Париже, в семье архитектора и художника Амвросия Пойнтера. Получил начальное художественное образование в Вестминстерской школе и в Ипсвиче, в 1856—1859 годах. Учился живописи в Лондоне, Риме и Париже у Шарля Глейра (вместе с Уистлером). Приобрёл известность большими историко-мифологическими полотнами — такими, как «Израиль в Египте» (1867), «Визит Царицы Савской» (1871—1875),«Царь Соломон» (1890)

В 1871 году стал членом Бельгийского общества акварелистов, был избран в Королевскую Академию художеств в 1876 году, а в 1896 году (по смерти её президента Дж. Милле) стал её президентом. Одновременно в 1894—1904 годах Пойнтер занимал должность директора лондонской Национальной галереи.

В 1902 году ему был пожалован титул баронета. Умер в 1919 г