что top во время запуска говорит ? :)

Да, что он может говорить? Зенд конечно кушает память и очень хорошо, но это одинаково на обеих машинах, проблема. думаю, не в этом.
Появляется его лого, прогресс пишет, и т.п.
Только на машине 2 этот прогресс быстро, а на 1-ой - мучительно долго. Причем, как я уже писал, по вычислительной мощности и объему ОЗУ машины особо не различаются.

И наблюдение: установка дров видяхи как-то на это влияет

yum install strace
strace -t /path/to/zend
станет боль-менее понятно на чем тормоза