Да, можно.

Запрета делать служебные пометки на первичных документах в законодательстве нет. Например, на документе можно ставить пометку о том, что он прошел обработку и отражен в бухучете (п. 2.20 Положения, утвержденного Минфином СССР 29 июля 1983 г. № 105).