В начале 90-х годов прошлого века, после падения «железного занавеса», в Испанию с просторов бывшего Советского Союза потекли волны иммиграции. Наши соотечественники из разных слоев постсоветского общества начали наводнять Иберийский полуостров в поисках лучшей жизни. Вера, религиозность — всегда были одними из самых сильных объединяющих социальных факторов. Храм Архангела Михаила в Альтее — живое тому подтверждение. Вдалеке от Родины он как голубка собирает под свои своды людей разной национальности, разного социального статуса, образования, но объединенных самым главным в жизни — верой во Христа-Спасителя. Уехав из родной земли, наши соотечественники острее, чем когда-либо почувствовали духовный голод. Это стремление к духовности и возбудило желание строительства первого храма Русской Православной Церкви в Испании.
Уникальность храма Архангела Михаила заключается в том, что за 2000 лет существования христианства, впервые в истории Испании, на её территории возведён русский православный храм, который стал самым западным форпостом Русской Церкви на Евразийском континенте, так как расположен на «нулевом меридиане».
Основателем и ктитором храма является семья Боцко из Ростова-на-Дону.
В 1996 году Михаил Боцко приобрел участок земли близ городка Альтеа и решил заложить православный храм. В том же году был заказан проект храма из камня.
В 1997 году община, образованная выходцами из России, с Украины, из Белоруссии и Молдавии, обратилась в Московский Патриархат с просьбой зарегистрировать приход, но положительного ответа, по неизвестным ей причинам, не последовало. Поэтому община была вынуждена обратиться в Экзархат Русских Православных церквей Западной Европы (Константинопольский патриархат), в котором и была зарегистрирована в конце 1999 года.
Вопрос о строительстве и местоположении храма длительное время согласовывался с местными властями и, во многом благодаря музыканту Мстиславу Ростроповичу, был окончательно урегулирован. Тем не менее, храм пришлось строить за городской чертой, что создало для верующих транспортную проблему.
7 января 2000 года священник Алексий Струве совершил первое богослужение в съёмном помещении.