Построено Адмиралтейство было по чертежу Петра I в 1704 году. Здесь находилась самая передовая верфь в России, на которой создавались корабли: от начала и до конца. Сначала здание имело П-образную форму и представляло собой одноэтажную мазанку, во дворе было место для строительства кораблей и их спуска на воду. 

При Петре было построено 262 военных корабля. Первый корабль был спущен на воду 29 апреля 1706 года. 

С 1727 по 1738 годы под руководством архитектора И.К. Коробова было построено каменное здание Адмиралтейства. На шпиль был установлен кораблик-флюгер. Он был изготовлен голландским мастером ван Болосом. Первый кораблик был утерян в процессе ремонта в 1815 г. Второй прослужил 71 год и был заменен на его точную копию в 1886 году, а оригинал сейчас находится в музее ВМВ. Нынешний кораблик третий.

К началу 19 века вид Адмиралтейства не сочетался с окружающим его обликом города и оно было перестроено по проекту А.Д. Захарова. Строительство велось с 1806 по 1823 года. Здание состоит из двух п-образных корпусов: внешнего и внутреннего. Адмиралтейство было украшено многоколонными портиками, скульптурами и барельефами.

Во время Великой Отечественной Войны шпиль и купола Адмиралтейства были зачехлены, но здание все равно пострадало от снарядов. После войны его восстановили.

В наше время в здании находится командование Российским Военно-Морским флотом.