В толстом кишечнике микроорганизмы составляют 30% сухой массы просветного содержимого. Видовой состав толстокишечной микрофлоры (около 500 видов) отличается максимальным разнообразием [1,3]. Однако наиболее распространенными и физиологически значимыми считаются бифидобактерии, лактобациллы, бактероиды, вейлонеллы, пептострептококки, клостридии, как представители анаэробной флоры, и кишечная палочка, лактозонегативные энтеробактерии (протей, энтеробактер, цитробактер и т.д.), энтерококки, стафилококки, дрожжеподобные грибы – представители аэробной микрофлоры. Количество микроорганизмов увеличивается в направлении дистальных отделов толстого кишечника, причем больше в просветных, а не в пристеночных зонах.