Православная Церковь в Бенин пришла недавно и при поистине необычных обстоятельствах. Вообще нужно сказать, что распространение Православия в Африке в ХХ веке часто сопровождалось чудесами, но пример Бенина даже на этом фоне выглядит исключительным.
В 1969 году у одного бенинца, Оптата Беханзина, младшего офицера жандармерии, тяжело заболел его пятилетний сын Эрик, которого разбил паралич. Беханзин немедленно повез сына в больницу города Котону, чтобы показать врачам, но доктора оказались бессильны помочь Эрику. Тогда пораженный горем отец обратился к Церкви, стал посещать храмовые богослужения в надежде, что Бог исцелит его сына. Но обращения к местной Церкви ничего не дало ему, кроме разочарования. Тогда Оптат у себя дома собрал группу, состоявшую из его родственников и соседей, уговорив их вместе молиться об исцелении Эрика. И после этого мальчик действительно исцелился; это укрепило маленькую общину в вере и дало сил продолжать молитвенные собрания. Впоследствии и дальше происходили чудесные исцеления по их молитвам к Богу.
В 1975 году община решила оформить себя как самостоятельная церковь, и верующие приняли на себя многодневный пост, дабы узнать волю Божию. После этого Эрик Беханзин, которому тогда было уже одиннадцать лет, получил откровение от Бога, Который на вопрос о том, как им назвать свою церковную общину, ответил: «Мою Церковь называют Православной Церковью». Это очень удивило членов общины, потому что никто из них, включая самого Эрика, никогда не слышал о существовании такой Церкви, и они не знали даже слова «православный». Им пришлось обратиться к словарю, чтобы узнать его значение. Они назвали свою общину «православной церковью Бенина», в которой избрали Оптата епископом, и только 12 лет спустя смогли познакомиться с представителями настоящей Православной Церкви.
В 1987 году в Бенине проходил очередной Конгресс Всемирного Совета Церквей, на котором присутствовали и православные участники, в том числе Александрийский Патриарх Парфений III. Здесь Беханзин наконец встретился с православными, началось общение, которое через десять лет привело к тому, что основанная Беханзином «православная церковь Бенина» полностью вошла в каноническую Православную Церковь Александрийского Патриархата, в его Нигерийскую епархию.