Начался первый период забвения Зверинецких пещер. Лишь в октябре 1888 года подземелье «случайно» обнаружила киевлянка Феодосия Матвиенко. По одной из версий, святое место она увидела во сне. Когда женщине в яви удалось найти вход, в нижней части горы, где находились пороховые погреба, перед ней открылась страшная картина: весь коридор длинной пещеры был усыпан человеческими останками. Потрясенная увиденным, она отправилась в Свято-Троицкий Ионинский монастырь (совсем поблизости), чтобы отслужить панихиду по убиенным и рассказать о находке. Никогда прежде исследователи не находили подобных пещер в столь неповрежденном виде, ведь они нетронутыми оставались почти 800 лет! Прибывшие увидели центральный ход и ответвления от него в обе стороны. В стенах пещерных ходов насчитали по 20 небольших ниш. Обнаружили помещение, где лежали человеческие кости и черепа, выявили также кожаную обувь, кожаные кресты и пояса с изображениями святых, ещё были глиняные горшки и прочее. Позже определили, что длина подземного коридора составляет 68 метров и в нем устроено 48 погребальных ниш. Уцелевшие в нишах захоронения были ориентированы головами в глубину, а ногами к галерее. В пещере также были обнаружены серебряные крестик с цепочкой в виде тесьмы, гривна с вырезанным крестом, несколько медных крестиков, фрагменты кирпича, остатки обуви, кресты, пояса. Местонахождение этих ценнейших предметов сегодня неизвестно.