Самая распространённая на сегодняшний день область практического применения ТА  — анализ и «терапия» организаций. Существует даже особое направление ТА — организационное ТА, которое занимается проблемами групповой динамики, развитием персонала организации, анализом этапов развития организации, помощью в преодолении кризисов и застоев в организациях, управлением бизнес-процессами и мн. др. Специалисты ТА здесь называются оргконсультантами. Они работают в сфере бизнеса в качестве приглашённых, т.е. внешних, консультантов или являются сотрудниками департаментов развития человеческих ресурсов, служб персонала организаций и фирм.

ТА является мощным инструментом при подготовке управленческих кадров и в коммуникационном тренинге. В настоящее время в США и Западной Европе большинство бизнес-тренингов создаётся на основе ТА. ТА также широко используется в индивидуальной, семейной и групповой психотерапии. ТА здесь используется как системный метод при лечении всех типов психологических расстройств (начиная от повседневных жизненных проблем и заканчивая психозами).

ТА имеет значительный опыт эффективного лечения психозов и используется в области клинической психиатрии. Так, ученица Берна Джэки Ли Шифф разработала и успешно применяла метод лечения шизофрении в своём центре «воссоздания родителя». Многие пациенты Джэки Шифф, полностью излечившись, впоследствии освоили метод ТА и даже стали психотерапевтами.

С самого начала Эрик Берн рассматривал ТА как «теорию социального действия» и как метод для работы с группами. В этом плане ТА может эффективно использоваться практически в любой области, в которой люди взаимодействуют друг с другом.

В западных странах ТА используется в системе образования, помогая преподавателям и учащимся плодотворно общаться и избегать ненужных конфликтов. Самая распространённая проблема, с которой работают специалисты ТА в системе образования, связана с тем, что ученики и студенты манипулируют преподавателем, а тот может поддаться и начать проигрывать своё прошлое, в котором происходило нечто подобное, поступая при этом неэффективно. Этого можно избежать, если преподаватель будет знать теорию сценария. Другие теории ТА помогают преподавателям быть более успешными в других вопросах.

В числе многих других областей ТА используется социальными работниками, религиозными деятелями, полицией, в исправительных учреждениях. Трансактный анализ  может быть применён в любой области, где существует потребность в понимании людей, их взаимоотношений и общения.