По Берну, базисом трансактного анализа, в дополнение к эго-состояниям, является изучение трансакций - что, собственно, и отражено в названии трансактный анализ. Берн подразделял трансакции на дополнительные, пересекающиеся и скрытые.

Дополнительные трансакции параллельны друг другу,  осуществляются от любого эго-состояния одного человека к другому и обратно, например в симбиозе мужа и жены. Она - матерински заботливая, он - покорный и ребячливый. Обоим это нравится, и они остаются в таких отношениях практически все время. Когда же он внезапно переключается и начинает действовать из своего Родителя, возникает пересекающаяся трансакция, а с ней - потеря коммуникации, и проблемы длятся, пока они вновь не возобновят дополнительные трансакции.

Скрытые трансакции - это шифровка, секрет, по крайней мере для эго-состояния Взрослый. В старом примере Берна ковбой спрашивает девушку, не хочет ли она осмотреть сеновал. Его секретная, скрытая трансакция: "Пойдем покувыркаемся в сене". Она отвечает: "Давай. Всегда обожала сеновалы" ... и, если она соглашается на скрытую трансакцию, ее секретный ответ: "Здорово!"

Затем они вместе наслаждаются сексом - единственная цель использования скрытой трансакции - скрыть от своих Взрослых, чем они в действительности собрались заниматься. Если она не поняла его скрытого сообщения, то она будет удивлена, а может и рассержена его попыткой залезть под юбку. Он растерян и разочарован ее откликом и одновременно удивлен. Теперь они вовлечены в игру.

В дополнение к дополнительным, пересекающимся и скрытым трансакциям существуют также прямые, непрямые и смазанные трансакции. Прямые - это Я-Ты трансакции, при которых человек обращается напрямую к собеседнику. Непрямые - Я-Он/Она, при которых кто-то говорит с кем-то о третьем лице. Смазанные - это Я-Вы Все, при которых человек обращается к группе людей.

При проведении психотерапии многие терапевты используют только прямые трансакции, и просят пациентов придерживаться именно этого типа трансакций. Многие пары начинают работу с непрямых трансакций, играя в игру "суд": "Он никогда ничего не делает по дому", "Она ни за что не приготовит то, что я захочу". В этой игре терапевтам отводятся роли судьи и присяжных и ожидается, что они втянутся в игру.

Когда терапевт просит пару говорить друг с другом, судебное разбирательство закрывается, а они становятся доступнее лечению. Пока они говорят друг о друге, интимность, близость для них практически недоступна, пусть даже провозглашенная ими цель - перестать ссориться и стать ближе друг другу. Когда же они разговаривают друг с другом, то узнают, что многое из сказанного на самом деле относится к незаконченным делам с их родителями, и тогда терапевт просит их адресовать свои замечания "напрямую" родителям.

Предлагается пациентам представить, что мать и отец сидят перед ними, и повторить родителям то, что они говорили нам. Так устанавливается прямая трансакцию, "здесь и сейчас", между Я и Ты. Пациент мгновенно перемещается в эго-состояние Ребенок и из него, а не из Взрослого, разбирается с ситуацией. Говоря с родителем и перемещаясь на другой стул, чтобы говорить от лица родителя, он воскрешает поток воспоминаний и о событии, и о чувствах, связанных с ним, и ощущает себя на сцене этого события "здесь и сейчас". С позиции своего Ребенка, оживляя сцену и закрывая старые незавершенные дела, пациент получает возможность произвести эмоциональные изменения в своих ранних решениях (принять новое решение).