В ночь с 6 на 7 февраля 1920 адмирал А. В. Колчак и председатель Совета министров Российского правительства В. Н. Пепеляев по прямому приказу Ленина были расстреляны. По официальной версии, сделано это было из опасения, что прорывающиеся к Иркутску части генерала Каппеля имеют целью освободить Колчака.[4] Согласно наиболее распространённой версии казнь произошла на берегу реки Ушаковки близ Знаменского женского монастыря. По легенде, сидя на льду в ожидании расстрела, адмирал пел романс «Гори, гори, моя звезда...». Есть версия, что Колчак сам командовал своим расстрелом. После расстрела тела убитых были спущены в прорубь — копать могилу для адмирала в сорокаградусный мороз посчитали излишним.
«Настанет день, когда дети наши, мысленно созерцая позор и ужас наших дней, многое простят России за то, что все же не один Каин владычествовал во мраке этих дней, но и Авель был среди сынов ее. Настанет время, когда золотыми письменами на вечную славу и память будет начертано Его имя в Летописи Русской земли»И. А. Бунин, 1921, г. Париж, Панихида памяти А. В. Колчака[5]
В конце Гражданской войны на Дальнем Востоке и в последующие годы в эмиграции 7 февраля — день расстрела адмирала — отмечался панихидами в память «убиенного воина Александра» и служил днём поминовения всех павших участников Белого движения на востоке страны, прежде всего погибших в ходе отступления колчаковской армии зимой 1919—1920 гг. (так называемого «Сибирского Ледяного похода»). Имя Колчака высечено на памятнике героям Белого движения («Галлиполийском обелиске») на парижском кладбище Сен-Женевьев-де-Буа.
В советской историографии личность Колчака отождествлялась со многими негативными проявлениями хаоса и беззакония гражданской войны на Урале и в Сибири. Термин «колчаковщина» использовался как синоним жестокого режима. «Классической» общей оценкой деятельности его правительства стала следующая характеристика — «буржуазно-монархическая реакция». В постсоветский период Дума Таймырского автономного округа постановила вернуть имя Колчака острову в Карском море, на здании Морского корпуса в Санкт-Петербурге была открыта мемориальная доска, а в Иркутске — памятник адмиралу.
В октябре 2008 года в прокат вышел фильм о Колчаке «Адмиралъ»
Дело о юридической реабилитации
Вопрос о юридической реабилитациии А. В. Колчака был впервые поставлен в середине 1990-х годов, когда ряд общественных организаций и частных лиц (в том числе академик Д. С. Лихачёв, адмирал В. Н. Щербаков и др.) заявили о необходимости оценки законности смертного приговора адмиралу, вынесенного большевистским Иркутским военно-революционным комитетом.
В 1998 году С. Зуев, руководитель Общественного фонда по созданию храма-музея в память о жертвах политических репрессий направил в Главную военную прокуратуру заявление о реабилитации Колчака, которое дошло до суда. 26 января 1999 года военный суд Забайкальского военного округа признал А. В. Колчака не подлежащим реабилитации, так как, с точки зрения военных юристов, несмотря на свои широкие полномочия адмирал не остановил проводимого его контрразведкой террора в отношении гражданского населения.
Сторонники адмирала с этими доводами не согласилась. Иеромонах Никон (Белавенец), руководитель организации «За Веру и Отечество» обратился в Верховный суд с просьбой о внесении протеста на отказ в реабилитации А. В. Колчака. Протест был передан в Военную коллегию Верховного суда, которая, рассмотрев дело в сентябре 2001 года, приняла решение — не опротестовывать решение Военного суда ЗабВО. Члены Военной коллегии постановили, что заслуги адмирала в дореволюционный период не могут служить основанием для его реабилитации: Иркутский военно-революционный комитет приговорил адмирала к расстрелу за организацию военных действий против советской России и массовые репрессии в отношении мирного населения и красноармейцев, и, следовательно, был прав.
Защитники адмирала решили обратиться в Конституционный суд, который в 2000 году постановил, что суд Забайкальского военного округа не имел права рассматривать дело «без извещения осуждённого или его защитников о времени и месте судебного заседания». Поскольку суд ЗабВО в 1999 году рассматривал дело о реабилитации Колчака в отсутствие защитников, то, согласно решению Конституционного суда, дело должно быть рассмотрено вновь, уже с непосредственным участием защиты.
В 2004 году Конституционный суд отметил, что дело о реабилитации белого военачальника времён Гражданской войны не закрыто, как ранее постановил Верховный суд. Члены Конституционного суда усмотрели, что суд первой инстанции, где впервые был поставлен вопрос о реабилитации адмирала, нарушил юридическую процедуру.
Процесс юридической реабилитации А. В. Колчака вызывает неоднозначное отношение и той части общества, которая, в принципе, положительно оценивает эту историческую фигуру[источник?]. В 2006 году губернатор Омской области Л. К. Полежаев заявил, что А. В. Колчак не нуждается в реабилитации, так как «время его реабилитировало, а не военная прокуратура».
Сочинения А. В. Колчака