Причины банальны:

1. Отсутствие необходимой поддержки со стороны среды разработки. Если учесть, что лень — одна из главных добродетелей программиста, то заставлять его вручную переписывать номер тикета из ClearQuest'а в окно ввода комментария Subversion'а можно только очень недолгое время. Стоит отвернуться — и все на это забивают. Варианты применения мер типа "лишение квартальное премии за повторное нарушения формата комментария" — не рассматриваю. Я так через два месяца останусь в проекте наедине с PM'ом.

2. Зачастую несколько тикетов закрываются одной группой связных правок. Случай, когда несколько тикетов отражают проявления одной и той же ошибки в коде — очевиден. Рассмотрим и чуть более сложный случай: для закрытия тикетов X, Y и Z я сделал утилитный класс Foobar и поюзал в классах A (для тикета X), B (для тикета Y) и C (для тикета Z). Под каким тикетом мы будем коммитить Foobar и как это потом нам поможет при разборе полетов?

И, кстати, я совершенно не уверен, что есть реальная необходимость в отслеживании таких связей — мне обычно хватает макроуровня, на котором к номеру версии привязан список всех тикетов. Разбор на микроуровне я за прошедший год проводил ровно 1 (один) раз. Действительно, мне бы очень помогли комментарии к коммитам с указанием номера тикета. Я бы потратил не 2 часа, а 10 минут. Но подозреваю, что все остальные разработчики для того, чтобы обеспечить меня этими комментариями, затратили бы на 2 порядка больше времени.