После повторного открытия городов майя в тропических лесах исследователи и археологи начали обсуждать причину их Упадка. Не удивительно, что при нынешнем состоянии этих некогда великих городов многие европейцы и американцы поначалу решительно отвергали саму идею цивилизации, процветающей в дебрях тропического дождевого леса. Они пришли к выводу, что упадок городов майя был неизбежен в столь неблагоприятных природных условиях и что цивилизация никогда не могла бы возникнуть там сама по себе. С их точки зрения, майя были колонистами из других мест — от Мексики до Египта или Китая. В наши дни археологи не склонны воспринимать дождевой лес как среду, враждебную для обитания человека, и совсем не возражают против местного происхождения индейцев майя.

Другим объяснением, популярным в ранних трудах о крушении цивилизации майя, была внезапная природная катастрофа. Безмолвные города, поглощенные тропическим лесом, действительно создавали впечатление, будто их покинули в спешке: люди бежали от катастрофы и не вернулись назад. Несколько городов майя, включая Куиригуа, действительно подвергались землетрясениям, а в Ксунантунихе один из дворцов, потерпевший значительный ущерб от землетрясения, так и не был восстановлен. Однако в большинстве крупных центров майя (расположенных довольно далеко от линий разломов земной коры) нет признаков ущерба от землетрясений.

Эпидемические болезни, такие, как бубонная чума в средневековой Европе, приводили к массовой гибели населения и сильным общественным волнениям. В качестве одной из причин ухода майя из городов на низменных равнинах предполагалась желтая лихорадка, хотя эта болезнь, по всей видимости, была не слишком распространена в Новом Свете до 1492 года. Такое объяснение в принципе возможно, но у нас нет вещественных доказательств, поддерживающих теорию эпидемического заболевания: ни многочисленных скелетов погибших людей, ни массовых захоронений жертв эпидемии.

Карибские ураганы часто проносились над низменностями майя, опустошая значительные области сельскохозяйственных земель. Темы ураганов и болезней переплетаются в гипотезе, согласно которой разрушительный вирус, поражающий кукурузу, достиг прибрежных низменностей, принесенный с востока Карибского моря ураганными ветрами, и уничтожил посевы маиса, от которых зависело благополучие майя. Как указывает ведущий специалист по истории майя, профессор Роберт Шерер из Пенсильванского университета:

«Идею о том, что преходящие и сравнительно локализованные последствия ураганов могут послужить причиной упадка целой цивилизации, довольно трудно переварить. Уничтожение лесов на пути урагана могло даже оказать благотворное воздействие, так как при этом расчищались новые земли для сельскохозяйственной эксплуатации».