Я понял, что же все-таки случилось во временный промежуток между MGS3 и оригинальным MG с сознанием naked snake'а.
Не было никакой неприязни к политике США, не было никакой перемены в душе в связи с потерей наставника, не было душевных метаний из-за косвенной вины в смерти огромного количества людей.
Он просто решил: "А идите вы все на*** со своими фоксхаундами и холодными войнами, я построю свой metal gear, с блэк-джеком и шлюхами!".
Все просто.