Иоанн Блаженный скончался через два года после Василия Блаженного, завещав упокоить его в Покровском соборе в 1589 году. Над его захоронением в 1672 году была также воздвигнута маленькая церковь-придел в его честь. Сейчас этот храм находится на реставрации, доступ в него закрыт. После окончания реставрации здесь будут находиться мощи св. Иоанна Блаженного.
Два храма – св. Василия Блаженного и Иоанна Блаженного – относятся к «комплексу нижних церквей собора», а вместе с подклётом из белых «дышащих» известковых кирпичей и окнами-«продухами», которые поддерживают здесь уникальный микроклимат – нижний первый ярус (тёплый).

Собор Василия Блаженного построен по формуле «божественной гармонии», в его идеальных пропорциях скрыта гармония «золотого сечения». Соотношения высоты и основных частей этого храма образуют ряд золотого сечения (ряд Фибоначчи, когда меньшая часть относится к большей, как большая ко всему целому. 62% и 38%, или величина – 1,6180339887).
Рисунки куполов – уникальны. Ни один купол не повторяет другой. Форма глав – луковичная.
Формы декоративных элементов куполов 4-х малых церквей и 1-й большой (церкви Входа в Иерусалим) содержат знаменитые пять Платоновых тел (правильных многогранников: тетраэдр, куб, октоэдр, икосаэдр, додекаэдр).
Иностранцы сравнивали их с «чешуей кедровой шишки, ананасом и артишоком».
Ослеплённый архитектор
По легенде, Иван IV велел ослепить архитекторов собора Василия Блаженного, чтобы никогда они больше не создали ничего подобного. Но известно, что якобы ослепленный Постник потом участвовал в строительстве Казанского Кремля. Поэтому на самом деле это всего лишь легенда, дополняющая образ грозного царя.Почему купола собора Василия Блаженного разноцветные?
Существует легенда, что в строении собора Василия Блаженного «зашифрован» образ исторической мечети Кул-Шариф, уничтоженной русскими войсками при взятии Казани в 1552 году.
Согласно этой легенде, 8 глав собора символизируют 8 минаретов разрушенной мечети, а 9-я господствует над ними в ознаменование победыОфициальная версия объясняет разноцветные купола собора тем, что он был построен в память о погибших солдатах, и узорчатые купола должны были символизировать «Небесный Иерусалим» или Рай — ту награду, которую заслужили воины, отдав свою жизнь на поле боя.
И ещё одна очень любопытная гипотеза.
При взгляде на собор сверху расположение куполов напоминает гелиоцентрический макет солнечной системы!
Купол церкви Покрова Пресвятой богородицы – Солнце.
Купол храма Василия Блаженного - Земля
Купол церкви Трёх Патриархов - Луна
Купол церкви Николы Великорецкого - Юпитер
Купол церкви Входа господня в Иерусалим - Нептун
Купол церкви Варлаама Хутынского - Меркурий
Купол церкви Александра Свирского - Венера
Купол церкви григоря Армянского - Марс
Купол церкви Святой Троицы - Сатурн
Купол церкви Киприана и Иустины - Уран

Собор Покрова Пресвятой Богородицы на РвуНа фото ниже - «секретная» церковь Храма Василия Блаженного, про которую мало кто знает, а бывали в которой вообще единицы. Это церковь Иоанна Блаженного, пристроенная к Храму Покрова Пресвятой Богородицы что на Рву (или Храма Василия Блаженного). Это единственная мире церковь, освящённая в честь Иоанна Блаженного. Она закрыта для туристов, однако в неё можно войти, чтобы приложиться к мощам святого. Билет для этого покупать не нужно. В часы работы Храма Василия Блаженного попросите сотрудника храма открыть эту церковь, чтобы вы могли приложиться к мощам. В 1589 году скончался московский юродивый Иоанн. Он завещал похоронить себя у стен Покровского собора. Спустя почти сто лет после смерти Иоанна Блаженного в 1672 году была выстроена церковь над его могилой. Раньше церковь венчала главка, впоследствии утраченная. Сегодня в соборе 11 церквей и 10 главок. 
Интересно, что изначально церковь была освящена в честь Рождества Богородицы, а лишь в 1916 году придел был переосвящён во имя Иоанна Блаженного. В 1929 году церковь Иоанна Блаженного была закрыта. Две церкви Иоанна и Василия раньше были соединены общим внутренним переходом, заложенным в 1930е годы. 
 Почти сто лет церковь Иоанна Блаженного возвращали верующим! К сожалению, были безвозвратно утрачены красивые росписи стен этой церкви, иконостас, часть старинных икон.Однако, благодаря музейным работникам, удалось сохранить ценнейшие царские врата 18 века, большинство икон иконостаса, хоругви.Вернули в церковь и ее главную реликвию - вериги, которые по преданию носил святой  Иоанн  (их вес более 30 кг, а Иоанн никогда их снимал).Ну и кратко. Собор был возведен в 1555–1561 гг. по велению царя Ивана Грозного в честь покорения Казанского царства.
Центральная церковь освящена во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Четыре церкви — Трех Патриархов Константинопольских, Киприана и Иустины, Александра Свирского и Григория Армянского — освящены во имя святых, в день памяти которых произошли важные события похода. В программе посвящений церквей собора нашли отражение и другие важные события русской духовной жизни второй половины XVI в.: явление в вятских землях нового образа Николая Чудотворца, прославление преподобных Варлаама Хутынского и Александра Свирского. Восточная церковь посвящена основному догмату христианской веры — Святой Троице. 
Впоследствии к Покровскому собору были пристроены две нижние церкви: во имя святого Василия Блаженного (1588) и Блаженного Иоанна Московского (1672).Он должен был исчезнуть. В 1930‑е собор мешал парадам, и вопрос о сносе реально поднимался. Архитектор Алексей Щусев спас храм: он предложил повернуть трассу Москворецкого моста, чтобы техника проходила свободно. Так собор уцелел — чудо не меньше, чем его постройка.
Собор Василия Блаженного (Покровский собор) — постоянный сюжет для живописных картин художников России и мира. Покрова Пресвятой Богородицы, что на Рву, в народе называют Собор Василия Блаженного. До XVII века храм носил название - Троицкий, потому что на этом месте был построен первый деревянный храм, посвящённый Святой Троице.                                                                                                                           https://zhiznteatr.mirtesen.ru/blog/43741474019/Moskovskie-progulki-ch-71-Sobor-Vasiliya-Blazhennogo?utm_referrer=mirtesen.ru