Вопрос:

почему не положена доплата заместителям когда они исполняю обязанности начальника

Ответ:

Ответ прост. У всех сотрудников организации должны быть должностные инструкции в которых прописаны их должностные обязанности.

В обязанностях ЗАМЕСТИТЕЛЯ начальника любого отдела прописана функция: "Замещать руководителя подразделения".

Соотчетственно замещать своего непосредственного начальника он обязан без какой-либо доплаты.