Церковь далеко не всегда считала своей первой обязанностью бороться
против не согласных с ней при помощи насилия и накладывать на них молчание во что бы то ни стало. В простых общинах апостольского времени верные были связаны между собой узами любви; дух учения того времени прекрасно выразился в словах ап. Павла к Галатам: «Братья ! если и впадет человек в какое согрешение, вы, духовные, исправляйте такового в духе кротости, наблюдая каждый за собою, чтобы не быть искушенными. Носите бремена друг друга и таким образом исполните Закон Христов»(6:1-2)
...Но уже было брошено семя, которое должно было дать богатую жатву злых дел и бедствий. Сам апостол Павел не допускает уже, чтобы отклонялись от учения, приносимого им: «Но если бы даже мы или Ангел с неба стал благовествовать вам не то, что мы благовествовали вам, да будет анафема». Быстрое развитие религиозной нетерпимости уже ясно видно в угрозах Аркалипсиса, направленных против вероотступников и еретиков Семи церквей.Богословие не могло создаться без того, чтобы не выдвинуть целого ряда вопросов, на которые у евангелистов не было ответа. В пылу спора богословы до того преувеличивали рассматриваемые ими вопросы, что ставили в зависимость от них само существование христианства ... Когда Евтихий в пылу обличения учений Нестория дошел до смешения двух естеств в Иисусе Христе, уверенный, что он поддерживает учение своего друга св. Кирилла, он неожиданно для себя был уличен в предосудительной ереси. Его возражения против тонкой риторики Евсевия из Дорилеи показывают, что он не понимал тонкого различия между substantia и subsistentia - роковая ошибка, стоившая жизни тысячам людей .... Как бы ни была ничтожна первоначальная причина раскола, как бы ни была чиста и горяча вера разошедшися с церковью, уже одно то, что они отказались склониться перед признанным авторитетом, являлось таким крупным преступлением, перед которым казались ничтожными все другие грехи и которое, так сказать, сводило к нулю все добродетели и все благочестие, которые могли проявить виновные. Даже сам св. Августин в той горячей восторженности, с которой донатисты переносили мученическую смерть и даже искали ее, не находил ничего такого,что что могло бы смягчить его отвращение к ним. Если бы они имели в своем сердце Христа, то их самоотречение заслуживало бы похвалы; но они действовали по внушению Сатаны, как евангельские свиньи , которых нечистый дух увлек на дно озера. Даже мученический венец, принятый во имя Христа, не может спасти схизматиков и еретиков от вечного огня, где они будут жариться вместе с Сатаной.
Однако дух преследования так сильно противоречил учению Христа, что он не мог восторжествовать без предварительной долгой и сильной борьбы, следы которой мы находим в творениях первых отцов церкви. Тертуллиан горячо защищает свободу совести. «Навязывать религию, - пишет он, - дело, совершенно противоречащее религии; никто не добивается вынужденных силой выражений преданности, и Бог любит только тех, кто ищет Его от чистого сердца».Но, когда споры с гностиками возбуждали воинственный пыл Тертуллиана, ему не трудно было находить во Второзаконии и Числах подходящие тексты в подтверждение того положения, что упорство должно быть побеждаемо не словом убеждения, а силой оружия. Святой Киприан учит, что мы должны стараться сделаться пшеничным колосьями, а плевелы мы должны оставлять на волю Бога, и он приравнивает к святотатцу того, кто присваивает себе права Бога, разыскивает и вырывает плевелы; но в то же время сам Киприан, не задумываясь, отсекал от церкви всех не согласных с ним и обрекал их на вечную гибель; другими словами, применял к ним единственную форму преследования, практиковавшуюся в его время. В сущности, было вполне естественно, что церковь, сама еще гонимая, защищала принцип веротерпимости, а тот факт, что даже и тогда дух нетерпимости стремился пробиться наружу, мог бы заранее показать миру, чего ему ждать от церкви, когда она получит материальную возможность навязывать свое учение сопротивляющимся. Но, однако, Лактанций, последний из отцов еще гонимой церкви, говорил, что вера не должна быть навязываема силой, что убийства и благочестие не имеют ничего общего между собой. Он добавляет, что никого не следует принуждать силой оставаться в лоне церкви, так как Богу не нужны те, в ком нет истинного благочестия.