это ОН ))) мы как-то с Мегастервой проводили целое исселедование на эту тему. Правила такие: сложные слова склоняются по правилам более "общего" слова в составе слова. Так, школа-интернат = ОНА, потому что здесь более общее слово "школа" - женского рода.
т.е. правильно будет так: В течение 5 (пяти) дней со дня подписания сторонами акта приемки выполненных Работ Подрядчик высылает Заказчику почтой счет-фактуру, оформленный в соответствии с действующим законодательством.