Вопрос почти гамлетовский!
И ведь правда мучает, терзает многих, является почвой утренних семейных споров.

Давайте подумаем вместе.
Ночью, во время сна наш организм отдыхает, наш ротик находится в состоянии физиологического покоя. Не происходит самоочищения зубов, так как нет употребляете вы ночью твёрдую, да и любую пищу, у вас не выделяется с голоду много слюны.
В таком состоянии на зубах замечательно образуется зубной налет.
А утром... утром, как в Третьем Шреке (помните, в начале фильма?). Конечно, я утрирую. :)
И всё же, не почистив зубы - вы с завтраком весь налет "съедите". Так в желудок попадает инфекция, далее по списку: эзофагиты, гастриты, дуодениты, неприятный запах изо рта.

Поэтому зубки лучше чистить до завтрака.
Однако, чтобы избавится от остатков пищи и не создавать микробам "кормушку" на целый день - нужно почистить и после завтрака или хотя бы прополоскать водой. Полоскания рекомендую после каждого приема пищи. Просто водой.
Хорошо, конечно, если вы носите с собой на работу зубную щетку...

ИТОГ:
Людям со здоровыми зубками и деснами хорошо чистить зубки два раза в день: утром и вечером (соответственно до и после еды, перед сном), а после приема пищи полоскать водой.
Людям с воспалительными заболевании в полости рта полезно чистить зубки три раза в день: до завтрака, после завтрака и перед сном вечером, а также полоскать после приема пищи водой или тем, что пропишет ваш стоматолог.