В 1559 Ода Нобунага получил в управление провинцию Овари (район современного города Нагоя). Как и многие другие даймё, он мечтал объединить Японию. Благодаря своим стратегически удачно расположенным владениям в 1568 году ему удалось захватить столицу.

Обосновавшись в Киото, Ода продолжил уничтожать своих врагов. Против него были некоторые воинственные буддийские школы, особенно секта Икко, которая фактически правила несколькими провинциями. В 1571 г. Ода полностью разрушил монастырь Энрякудзи. Его противостояние с сектой Икко продолжалось до 1580 года. Одновременно с этим в 1573 году Ода сверг сёгунат Муромати.

Нобунаге крупно повезло с двумя его самыми опасными противниками на востоке: Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин умерли, не успев сразиться с войсками Нобунаги. После смерти Сингэна Ода разбил клан Такэда в битве при Нагасино в 1575 году, активно используя огнестрельное оружие, купленное у европейцев.

В 1582 году генерал Акэти убил Оду и захватил его замок Адзути. Однако власть Нобунаги унаследовал Тоётоми Хидэёси, сподвижник покойного, разгромивший войска Акэти. Хидэёси быстро уничтожил своих противников. Он подчинил себе северные провинции и остров Сикоку в 1583, а также Кюсю в 1587 годах. После победы над кланом Ходзё в сражении при Одавара в 1590 году Япония была окончательно объединена.

Стараясь установить контроль над всей страной, Тоётоми Хидэёси разрушил множество замков, выстроенных по всей стране во времена гражданских войн. В 1588 году он конфисковал все оружие у крестьян и монахов в ходе так называемой "Охоты за мечами". Он запретил самураям заниматься земледелием и заставил их переселиться в города. Введение четких границ между классами усилило контроль правительства над народом. К тому же, в 1583 году началась ревизия всех земель государства, а в 1590 году была проведена перепись населения. Тогда же было завершено строительство огромного замка Тоётоми в городе Осака.

В 1587 г. Хидэёси своим указом изгнал всех христианских миссионеров. Однако францисканцы в 1593 году смогли вернуться в Японию, а иезуиты сохранили свои позиции на западе страны. В 1597 году Хидэёси усилил преследование христианских миссионеров, запретил менять веру и, в качестве предупреждения, казнил 26 францисканцев. Он считал, что христианская церковь может помешать установлению полного контроля над обществом; к тому же, многие иезуиты и францисканцы совершенно нетерпимо относились к традиционным религиям: синтоизму и буддизму.

Следующей целью Хидэёси после объединения страны был захват Китая. В 1592 году армия Японии вторглась в Корею и за несколько недель оккупировала Сеул, однако уже в следующем году была разбита армией Китая. Хидэёси упорствовал и не сдавался до последнего поражения и вывода войск из Кореи в 1598 году. В том же году он умер.