Закон суров, но он закон. Какой бы идиотской ни была норма языка (те же брелоки), можно писать гневные письма в институт русского языка РАН, но нельзя её не соблюдать. Потому что это банальная неграмотность.
А система Поливанова отнюдь не идиотская. И система Хёпберна тоже. Вот только почему-то люди забывают, что первая сделана для кириллицы, а вторая — для латиницы, и бегут её транслитерировать в соответствии со своими не всегда обширными понятиями в языках.
Если же говорить о системах отвлечённо, то они обе не идеальны, ибо представляют из себя невесть что. Будь они системами практической транскрипции, они должны были бы учитывать редукцию гласных и тоническое ударение. Будь они системами транслитерации, они не должны были бы ориентироваться на произношение. Годзюон — стройная и логичная таблица, в столбцах которой не меняется согласная, а в строках — гласная. И то, что в ряду та-ти-ту-тэ-то слог ту превратился в цу, не должно волновать создателя системы транслитерации. Собственно говоря, система японско-латинской транслитерации уже существует — это так называемая государственная латиница в Японии. Она построена именно с соблюдением логики построения годзюон, а не на основе того, как воспринимают японское произношение бака-гайдзины.
А слова суши и аниме пишутся так, как пишутся, потому что это слова русского языка, и переименовывать их в суси и анимэ также глупо, как и переименовывать короля Артура в какого-нибудь Офура, потому что это якобы ближе к оригиналу. Особенно с учётом того, что анимэ (пишется катаканой) — это слово «анимация» по-японски, а аниме — это японская анимация и ни что иное.