Ну если я не ошибаюсь, то по легенде апостол Андрей был распят на кресте такой формы. Ну а почитание апостола Андрея понятно.
А еще где-то читал, что четыре синих конца креста - это четыре моря, на которых Россия когда-то еще в петровские времена воевала и строила флот - Белое, Балтийское, Азовское и Каспийское.