По учреждении Московским Церковным Собором 1681-1682 гг. Воронежской епархии свт. Митрофан стал ее первым епископом. Он участвовал в венчании на царство братьев-царей Иоанна и Петра, был очевидцем стрелецкой смуты. Положил много труда по устраению обширной окраинной епархии, обращая главное внимание на усиление святой ревности духовенства, был строгим блюстителем церковных уставов и правил благочестия. Заботился о чистоте нравов паствы, боролся против увеселений, носивших безнравственный характер, и против западного духа, насаждавшегося в России. Помогая Петру I, строившему в Воронеже флот, он, несмотря на угрозы Царя, категорически отказался пройти к нему во дворец мимо обнаженных скульптур языческих богов. Петр, очень почитавший святителя, в конце концов смирился и убрал статуи. А после смерти владыки, последовавшей 23 ноября (6 декабря) 1703г., Царь нес на руках его гроб.

    Воронежский владыка своим мужественным поведением показал пример отношения к "возрождению" язычества в России. К сожалению, противостоять натиску апостасийного, но технически развитого Запада, когда сам Царь "открыл окно в просвещенную Европу", было крайне трудно. Когда строилась "северная столица", она стала сплошным язычиским капищем: причудливые фонтаны в виде обнаженных античных фигур, амурчики под потолками дворцов, в которых не осталось места для икон, статуи греческих и римских богов... К этому русскую знать начали приучать с XVII века. Россия переставала осознавать себя Святой Русью...