В последующие годы Кукольник занимался переводом «Сокращенной всеобщей истории» французского историка Луи Филиппа де Сегюра. Эта работа была издана в 5 томах в 1818 – 1820 годах в Петербурге. В 1824 году Павел Кукольник получил место профессора всеобщей истории и статистики в Виленском университете. С 1831 года он также заведовал университетской библиотекой и нумизматическим кабинетом.
Кукольник также писал рассказы и повести в стихах. Некоторые из них, такие как «Мария», «Друг», «Враг», «Дедушкино видение», роман в стихах «Три года жизни» были впоследствии опубликованы в трех сборниках, которые вышли в Вильне: «Стихотворения» (1861), «Стихотворения. Т. 2» (1872), «Последний кусок моей духовной жизни» (1882).
Кукольник был известен и своими работами по истории, такими как «Исторические заметки о Литве», «Исторические заметки о северо-западном крае России», «Предания литовского народа».
В 1844 году Кукольник стал членом правления Виленской римско-католической епархиальной семинарии. Там он преподавал историю до 1851 года. Впоследствии был назначен цензором, поддерживал дружеские отношения со многими известными литераторами.
В 1865 году Павел Кукольник вышел в отставку в чине действительного статского советника. В последние годы жизни он преподавал историю в женском училище при Мариинском монастыре.
Павел Кукольник скончался 15 сентября 1884 года. Он был похоронен на православном Евфросиниевском кладбище в городе Вильна.
