Родился он в 1942 году в Чикаго в далеко не самой благополучной семье. Отец Джона сильно пил и частенько бил жену. Она забеременела очень поздно, роды проходили с осложнениями, да и, как позже выяснили психологи, генетическая наследственность Гейси не сильно обнадеживала. Ребенок рос слабым и постоянно болел. С пятилетнего возраста он начал периодически терять сознание - в его мозгу обнаружилась опухоль, которую позже вырезали на операционном столе.
В его детских воспоминаниях остались умственно неполноценная соседская девочка, совершавшая над ним развратные действия, и грязные домогательства отцовского приятеля - педофила, который, как позже на допросах рассказывал Гейси, совратил его. В возрасте 17 лет, во время первого полового опыта, он потерял сознание, в результате чего у него сильно обострился комплекс неполноценности.