Родился отец Митрофан 16 августа 1915 года на станции Ин Благовещенского уезда Дальневосточного края. Его отец Тимофей Иванович был фельдшером, а мать Агриппина Степановна занималась ведением домашнего хозяйства. Вскоре после рождения Николая вся семья переехала в Тамбовскую губернию.
Детство отца Митрофана протекало в деревне Первая Березовка Мучкапского района. Там же в семье Тимофея Ивановича и Агриппины Степановны родились сын Василий и дочь Валентина. Отец Митрофан иногда вспоминал, как Ангел Хранитель в то время явным образом берег его от разных неприятностей: «В детские годы мне приходилось пасти коров. Однажды я прилег около коровы, чтобы отдохнуть, и уснул у нее на брюхе. Когда проснулся, то корова ходила уже далеко. Это было чудом, что, вставая, она не придавила меня и я остался в целости и здравии. Приходилось мне ездить и верхом на лошади. Так, при верховой езде я был сброшен лошадью на землю. Ударившись, потерял сознание, но через несколько дней пошел на поправку».
После окончания 7 классов школы Николай поступает в Тамбовский сельскохозяйственный техникум, а после его окончания—в Московский автодорожный институт, который закончил в 1941 году, получив специальность инженера-механика по автомобильному делу. Нам также известны некоторые воспоминания и из его студенческой жизни: «Ездить на учебу приходилось на поезде, бывало места в вагоне не хватало, тогда ехал, сидя на ступеньках, хотя это было и опасно. Однажды, вот так, сидя на ступеньке, задремал, но Ангел Хранитель разбудил меня, показав опасность выпасть из движущегося поезда. Таким образом я остался невредим. Случилось раз, что родители, истопив печку, ушли, закрыв трубу раньше времени. Я в это время спал в доме. Получив сильный угар, я находился на волоске от смерти, но милостью Божией выздоровел. И еще—в годы учебы в техникуме во время баловства навалились на меня несколько человек, так что я едва не задохнулся, но был спасен».
После окончания учебы согласно распределению Николай был направлен на работу в Белоруссию, в город Береза-Картузская. Здесь и застала его Великая Отечественная война. Эвакуироваться Николай Тимофеевич не успел и вынужден был остаться на оккупированной территории. В январе 1943 года Николай Ильин поступил в партизанский отряд им. Димитрова бригады Пономаренко, действовавшей в Брестской области, где был назначен командиром диверсионной группы и воевал до освобождения Белоруссии от фашистских захватчиков. За проявленные мужество и героизм был награжден медалью «За отвагу».
После освобождения Белоруссии в действующую армию Николая Тимофеевича не отправили, а назначили восстанавливать разрушенное войной хозяйство страны. Он был назначен начальником дорожного отдела в г. Пружаны, а позднее направлен на работу в г. Кобрин механиком дорожного эксплуатационного участка. Затем в трудовой биографии Николая Тимофеевича Ильина значатся: Серпухов—начальник хранилища на военной базе; Пинск—главный инженер путевых дорожных мастерских…
Различные обстоятельства жизни, поиски Евангелия (в то время очень трудно было достать книгу «Нового Завета») и тяжелая болезнь заставили его придти в храм. Совершив несколько паломнических поездок и получив исцеление у мощей преподобного Сергия, по благословению почаевского старца Николая 3 марта 1958 года он поступает в число братии Свято-Успенского Жировичского монастыря. Через полтора месяца его постригают в рясофор с именем Георгий, а в 1964 году—в мантию с именем Митрофан. 20 сентября 1972 года был рукоположен во иеродиакона, а 21 сентября 1972 года в день Рождества Пресвятой Богородицы архиепископом Антонием (Мельниковым) рукоположен во иеромонаха. В 1994 году возведен в сан архимандрита.
В монастыре отец Митрофан нес различные послушания: работал в бухгалтерии, был экскурсоводом и 37 лет, вплоть до 1997 года, когда заболел и был признан инвалидом второй группы, трудился за свечным ящиком.
24 октября 2001 года, после второго инсульта, отца Митрофана постригли в схиму и его здоровье пошло понемногу на поправку, так что к лету батюшка уже мог с поддержкой передвигаться на ногах. Вообще же