Прочитал тут статью: "как поломать свою флешку". Собственно http://wiki.laptop.org/go/How_to_Damage_a_FLASH_Storage_Device, статья на английском.

После форматирования флешка весьма вероятно потеряет в скорости чтения/записи и кроме того дохнуть начнет значительно быстрее.
Дело в том, что на данный момент все программы для форматирования созданы исходя из аппаратных возможностей жестких дисков. Однако принцип работы флеш памяти совершенно иной. Что-бы повысить скоростные характеристики и время жизни флеш памяти, производители форматируют свои устройства с учетом особенностей работы своих чипов флеш памяти.

Вывод: старайтесь не форматировать свою флешку (usb и memory-cards) стандартными средствами операционной системы. Если производитель предоставляет своё ПО, для выполнения этих процедур, вероятно это наилучший способ.