Похерить - собств.-русск. Префиксальное производное от херить - "зачеркивать", образованного с суф. -ить от хер, старого названия буквы х, предсталяющего собой по происхождению сокращенное сущ. херувим.

Краткий этимоогический словарь русского языка под редакцией члена-корреспондента АН СССР С.Г. Бархударова.
Издание 3-е, исправленное и дополненное.
Москва, "Просвящение", 1075