1). Microsoft выпустила свой адаптер для MQSeries. По первичным данным, там не поддерживаются еще, по меньшей мере, transactions и encoding.Кроме того, он, насколько мне известано, недоступен пока для разработчиков даже в форме beta. Та версия, что есть у меня, получает messages через polling! У IBM нет пока альтернативы.
2). Но у IBM есть MQSeries API для .NET с рядом примеров, а у Microsoft примеры базисного адаптера (включая такой нонсенс, как generic adapter).
3). Обратите внимание на Nastle. Никакого отношения к BizTalk не имеет, но при разработке может быть очень полезен.
4). Наконец, не могу не спросить очень важный вопрос : имея WebSphere, где же process management from IBM? Тут вообще еще нужно понять, чем больше дается интеграция: queue management или process management?