Как происходит становление основы научной картины мира, научной теории? В общих чертах процесс можно представить так (цитируем учебник по философии науки для аспирантов :). Сначала накапливается некоторое количество фактов, противоречащих принятой в данный момент картине мира или (если в данной области еще не создана теоретическая база) просто напрашивающихся на упорядочивание. Потом создается рабочая гипотеза, объясняющая эти факты и, исходя из ее существования, проводятся эксперименты, подтверждающие или опровергающие гипотезу. Подтвержденная экспериментами гипотеза становится теорией и попадает в учебники.

Так, когда Д.И. Менделеев открыл периодический закон, он упорядочивал все известные тогда элементы, но в таблице Менделеева оставалось еще много пустых клеток, далеко не все химические элементы были тогда известны. Исходя из знания этого закона химики, заполняя пустые клетки, искали элементы с заранее предсказанными свойствами и находили их, подтверждая тем самым открытый закон.

Не знаю, как у других, но приняние существования Бога у меня протекало абсолютно так же. Сначала накопились чудеса, необъяснимые с точки зрения моего тогдашнего атеистического мировоззрения. Потом я принял существование Бога как гипотезу и стал, руководствуясь ею, пробовать действовать. То бишь проводить над собой и миром "эксперименты". Когда эти мои действия вызывали предсказанный религией результат, я стал верующим человеком.

Главное отличие здесь в субъективности и уникальности этих экспериментов. Каждому Бог открывается очень по-своему.