После событий 1965 года дорога долго эксплуатировалась в урезанном виде и лишь в 1991 году начались работы по ее реконструкции. В 1994 году вступил в строй новый участок дороги и новая станция, названная Счастливой в память о старой дороге.
Теперь дорога в плане представляет собой треугольник, в вершинах которого находится три тупиковых станции – Родина, Счастливая, Пушкино (не путать со станцией Пушкинская, которая была на старой дороге). Задумывалось пустить поезда по всему треугольнику. На каждой станции тепловоз должен был перецепляться в другой конец состава, после чего поезд отправлялся бы на следующую станцию.
Первое время после реконструкции эксплуатировался только перегон Родина–Пушкино. Станция Счастливая была временно законсервирована. Впоследствии было открыто движение и до этой станции. Сейчас планируется увеличить длину дороги до 12 км.
На всех перегонах смонтирована трехзначная автоблокировка с частотными рельсовыми цепями без АЛСН. На станциях Родина и Счастливая – электрическая централизация, причем на Родине с частотными рельсовыми цепями. На станции Пушкино – ключевая зависимость стрелок и сигналов.
В 1996 году был проведен капитальный ремонт паровоза Кп-4-430, который с 1955 года и до середины 80-х водил поезда по Горьковской ДЖД. В результате, с 1997 года на Горьковской детской железной дороге была восстановлена паровая тяга, что для современных дорог большая редкость. Правда паровоз используют лишь дважды в год – в день открытия дороги и в День города (последние выходные августа).
В 1999 году в локомотивном депо станции Тумская по спецзаказу, как и в 1939-м, было изготовлено два новых открытых пассажирских вагона «дилижанс». Впрочем, если раньше изготовление вагонов по спецзаказу было признаком принадлежности к элите, то теперь другого пути обновления подвижного состава просто нет, поскольку серийное производство узкоколейных пассажирских вагонов в нашей стране свернуто в 1995 году.