Маргарита Валуа была самой младшей, третьей дочерью и седьмым ребёнком французского короля Генриха II и Екатерины Медичи. Французский престол по очереди занимали её братья Франциск II (1559—1560), Карл IX (1560—1574) и Генрих III (1574—1589).
[Королева Марго (La reine Margot)] С малолетства девочка отличалась очарованьем, независимым нравом и острым умом, а образование она получила превосходное: знала латынь, греческий, философию и литературу, да и сама неплохо владела пером.
С раннего детства рука Маргариты была предметом торга: сначала ее предлагали в жены Генриху де Бурбону, принцу Беарнскому и наследнику королевства Наварра, затем дону Карлосу, сыну Филиппа Второго Испанского, затем португальскому королю Себастьяну. Тем не менее, непримиримая позиция французского двора на переговорах и слухи о поведении Маргариты, привели к провалу и испанских, и португальских переговоров. По политическим причинам Карл IX и Екатерина Медичи возобновили переговоры о браке Маргариты и Генриха де Бурбона.
В 1570 году начинается ее бурный роман с герцогом Гизом — фактическим главой католиков Франции и позднее претендентом на трон, но король Карл IX и Екатерина Медичи запретили ей думать об этом браке, который бы усилил Гизов и нарушил баланс между католиками и протестантами. Судя по всему, Гиз и Маргарита до конца жизни сохраняли чувства по отношению друг к другу, что подтверждает секретная переписка королевы.
С целью закрепления очередного эфемерного мира между католиками и гугенотами (протестантами) Франции, 18 августа 1572 г. Маргарита была выдана замуж за одного из лидеров гугенотов Генриха де Бурбона, короля Наваррского, своего троюродного брата, принца крови. Её свадьба, отпразднованная с большой пышностью, закончилась Варфоломеевской ночью, или «парижской кровавой свадьбой» (24 августа). Судя по всему, Екатерина Медичи держала свою дочь в полном неведении о готовящейся резне в Лувре и даже рассчитывала на ее смерть, чтобы обрести дополнительный аргумент в борьбе с гугенотами и их вождями. Чудом уцелев во время избиения и сохранив хладнокровие, Маргарита спасла жизни нескольким гугенотским дворянам и главное, своему мужу, Генриху Наваррскому, отказавшись оформлять развод с ним, как настаивали ее родственники.
После вступления на престол Генриха IV, папа Климент VIII расторг его бездетный брак с Маргаритой (30 декабря 1599 г.).