Весенние каникулы закончились, и ученики снова приезжают в школу. Только одной Елены Сергеевны почему-то нет. Она не отвечает на звонки. Виктор не подозревает, что в последний учебный день Елена хотела покончить с собой и выпила много таблеток. А вскоре она узнает от врачей страшную новость.
Виктор и Паша ссорятся, их дружба висит на волоске. Становится очевидным, что Елена одновременно крутила роман с обоими. Виктор предлагает Елене развод. Но она выдвигает ему неприемлемые требования. Виктор лечится от неизвестного недуга и ему нужны деньги на дорогостоящее лекарство. Раскрывается тайна его детства…
Володя продолжительное время пытается выбраться из подземелья. Питается крысами, пьет дождевую воду. И вот однажды он выбирается на свободу, но при этом теряет свой рюкзак с ценными картинами. Все это время Володя считается предателем у своего начальства, и его разыскивает новая коллега Нелли.
Юля нравится Роме, он пишет ей записку «от тайного поклонника». Сначала Юля уверена, что эту записку написал парень, который ее постоянно преследует. Но она еще не знает, что это не живой человек, а призрак Тёмы, который пытается через нее связаться с друзьями, чтобы раскрыть имя своего убийцы. Также Юлия выясняет, что учитель математики Каверин замешан в исчезновении бывшей ученицы «Логоса» Кристины Панфиловой. Он угрожает ребятам и требует оставить его в покое.
Андрей и Макс сталкиваются с Кавериным при обыске его комнаты, им приходится взять его в заложники и держать на чердаке. Но вскоре он исчезает, и никто не знает, что с ним.
Ирина Исаева, являющаяся мамой Нади и Андрея, похищена и держится в подземелье со своим грудным ребенком Игорем. Он болен лейкемией. После успешной операции, проведенной ее похитителями, мальчик выздоравливает. Вскоре Нелли освобождает Ирину, но сын остается в руках похитителей.
Надя и Андрей могут быть отчислены, так как их родители еще до исчезновения обанкротились, а новый опекун не имеет средств на оплату их обучения. Кроме того, Андрей закрутил роман с Анной Михайловной. А по уставу школы преподавателям запрещено иметь любовные отношения с учениками. Кому-то из них двоих придется покинуть заведение.
Вика, Даша, Макс, Рома и Андрей продолжают расследование. Андрей и Макс становятся лучшими друзьями. Их сплотили прошлые события, когда Андрей помог Максу скрыть следы преступления. Остальные друзья об этом не знают. Они открывают информацию о проекте «Gemini». И находят комнату, где нацисты прятали Ирину Исаеву…