Например, у Вас флеш накопитель большого объема, и Вам одним махом нужно его очистить. Тогда форматирование лучший вариант.
Флешка пострадала от вирусов, как правило флешки очень хорошо заражаются и тогда лучший способ это сканировать ее антивирусом или отформатировать. Есть один такой вирус (точно не знаю как он называется), который все папки на флешке делает с расширением .exe и информация в этих папках станов