Байкальская нерпа является единственным водным млекопитающим, которое обитает в озере Байкал. Животное находится в Красном списке Международного союза охраны природы.
Численность байкальской нерпы, согласно авиаучету, проведенному в 2025 году, составляет 148,2 тыс. особей. По данным Минприроды, популяция вида находится в относительно стабильном состоянии.