История города Мцхета насчитывает более 2000 лет. Он явно существовал до нашей эры, ещё в античности, и даже в более ранние эпохи, хотя тогда это было скорее поселение, чем город.
В археологии принято думать, что Мцхета как город сформировалась в VI—V веках до нашей эры.
По преданию город основал легендарный Мцхетос. «После смерти царя Картлоса его жена разделила земли между сыновьями. Среди них старший Мцхетос — поселился в месте стока рек Араг