Дальневосточный морской заповедник — единственный в России, где 98% площади — акватория. Его водные границы защищают особенно тщательно — морская охранная зона составляет 3 мили.
Подводный мир заповедника — настоящая сокровищница по своему видовому составу. Это связано с тем, что его акваторию делят два главных течения: холодное Приморское, движущееся с севера, и теплое Цусимское, следующее от Корейского полуострова. Таким образом, здесь в условиях доброго соседства уживаются представители как арктической, так и субтропической фаун.
На острове Фуругельма, входящем в состав заповедника, живут крупнейшие колонии чернохвостой чайки и уссурийского баклана. А желтоклювая цапля и малая колпица вообще гнездятся исключительно здесь и больше нигде в мире.
В акватории заповедника обитает осьминог Дофлейна, вес которого может достигать 30 кг, а радиальный разброс рук — девяти метров. Это самый крупный вид осьминогов, он водится только в прибрежных районах северной части Тихого океана.
В границах заповедника находятся четыре памятника природы: две сопки — Сюдари и Голубиный Утес, участок лагуны Огородная и озерцо Большое Круглое, а также острова Верховского и Карамзина.