Однако изучение творчества Рафаэля и идеи неоклассицизма вскоре изменили его стиль. Все чаще художник стал обращаться к сюжетам с аллегорическим подтекстом, в которых немаловажное значение приобретает идея доблести, победы долга над личными привязанностями. Меняется и формальный строй работ Помпео Батони. Художественный язык становится ясным, строгим, форма обозримой, классические мотивы легко узнаются в позах, в трактовке лиц, рисунке обнаженных тел. В композиционных решениях художника рассудочный, рациональный характер получает преимущество над эмоционально-непосредственным выражением. Однако неоклассический стиль работ Помпео Батони нередко носит поверхностный характер, классические элементы порой облегчаются легкой игривой линией, невесомостью и изяществом формы, сглаженной, почти миниатюрной манерой письма. В искусстве Батони не могли не сказаться и реалистические тенденции, характерные для итальянской живописи XVIII века.

Но и в этом аспекте позиция художника Батони оставалась двойственной, нередко в одном произведении проявлялись весьма разнородные симпатии мастера. Например, в "Святом семействе" композиция делится на две стилистически различные части. Группа Богоматери с младенцем Христом на руках и с Иоанном Крестителем, помещенная слева, изображена в условном неоклассическом духе. Иосиф, на мгновение оторвавшийся от чтения книги, чтобы взглянуть на играющего Христа, и протягивающая к младенцу руки святая Анна изображены как конкретные персонажи, с простонародными чертами лиц. Наиболее цельное и полное выражение реалистические тенденции искусства Помпео Батони нашли в портретном жанре, где живопись всегда следует за действительностью.

Лучшие портреты кисти Батони написаны серьезно, вдумчиво, с глубоким проникновением в характер изображаемого человека. Батони стоит у истоков парадного репрезентативного неоклассического портрета. Его модели обычно расположены на фоне античных ваз, саркофагов, статуй, колонн, хотя в ранних работах преобладает нейтральный фон. Чаще всего художник писал знатных лиц. К одной из лучших портретных работ раннего периода творчества Батони относится портрет кардинала Колонна ди Шарра, написанный около 1750 года. Величественная, полная достоинства фигура кардинала четким силуэтом вырисовывается на темном, почти нейтральном фоне. Художнику Батони удалось соблюсти меру между подробностью прорисовки деталей одежды, рук, костюма и классической ясностью, лаконизмом художественного языка. Индивидуальная характеристика сочетается с классицизирующим идеалом, словно накладывающимся на живую натуру, нейтрализующим ее случайные проявления. Несмотря на яркость психологической характеристики портретируемых, им всегда присуще и нечто общее: аристократическое достоинство, эмоциональность, но вместе с тем и особое, "философское" состояние. Творчество Батони в целом знаменует начало нового направления европейского стиля живописи - классицизма конца XVIII столетия.