Есть много вариантов использования такого эффекта, но я подробнейшим образом опишу сам принцип, чтобы вы сами могли потом экспериментировать. 
Такой урок смогут осилить даже новички. Не обращайте внимание на его длину. 

Анимационный эффект "Квадраты" 
Часть 1 
Создание узора 
1. Создайте новый документ 30*30 пикс, фон прозрачный. 
[показать] 
2. Редактирование - выделить все или Ctrl+A 
Редактирование - выполнить обводку 
[показать] 
Очень важно на этом этапе выставить параметры как на скрине. Иначе ничего не получится. 
Ширина: 1 пикс 
Цвет: белый #FFFFFF 
Расположение: внутри 
[показать] 
3. Затем зайдите в меню Редактирование - Определить узор. 
[показать] 
4. Задайте имя для получившегося узора. Например, "Квадрат". 

Часть 2 
Создание базы для анимации. 
1. Откройте понравившееся изображение, кадрируйте и переразмерьте его до 120*120 пикс. 
Вот моя картинка. 
[показать] 
2. Создайте новый слой. 
Выберите инструмент Заливка. В строке самого интрумента выставьте Регулярный и найдите наш узор. 
[показать] 
3. Залейте новый слой узором. Вот, что должно получиться. 
[показать] 
4. Выделите слой, залитый узором и смените Режим наложения на Перекрытие. 
Непрозачность: 40% (может быть другой процент, зависит от самого исходника) 
[показать] 
5. Теперь возьмите инстурмент Волшебная палочка (W) и выделите квадраты в шахматном порядке. 
Чтобы выделение не сбивалось, когда Вы будете выделять много элементов, нажмите кнопку"Добавить к выделенной области" в панели инструмента Волшебная палочка. 
[показать] 
Тогда выделенные объекты будут добавляться к области выделения. То же самое произойдет, если Вы будете выделять, зажав при этом клавишу Ctrl. 
Если у Вас не получилось, просто снимите выделение: Выделение - Снять выделение или Ctrl+D. 
Вот что должно получиться. 
[показать] 
6. Создайте новый слой и залейте выделенную область белым цветом. 
[показать] 
7. Повторите п.5 и п.6 для второй группы квадратов. Заливать вторую группу нужно также на новом слое. 
[показать] ---  [показать] 

Часть 3 
Создание анимации 
1. Создайте 2 кадра в окне Анимации. Заранее выставьте для них время 0,1 сек. (Маленький секрет: Чтобы выставить время сразу для обоих (или нескольких) кадров, выделите их, удерживая кнопку Shift (Shift используется для выделения не связанных объектов, Ctrl для выделения непрерывной линии), и тогда смените время для одного кадра). Оно изменится сразу для всех. 
2. Выберите первый кадр. И выключите верхний слой с квадратами. Видимым должен остаться только нижний. 
Выставьте непрозрачность 20%. 
[показать] 
3. Выберите 2-ой кадр. Выключите для него видимость нижнего слоя с квадратами, включите видимость верхнего. 
Выставьте непрозрачность 20%. 
[показать] 
Все действия аналогичны действиям в п.2. 
4. Перейдите к 1 кадру и создайте 3 промежуточных кадра. 
[показать] 
5. Теперь перейдите к 5 кадру и также создайте 3 промежуточных кадра, но не к Следующему кадру, а к Первому. 
[показать] 
6. Получится 8 кадров. Теперь выделите их все, с зажатым Ctrl и смените Режим наложения на Перекрытие сначала для 1 слоя с квадратами, потом аналогично для второго (чтобы выделить все кадры для второго слоя, необходимо выделять со 2-го кадра, тк слой прикреплен именно к нему). 
В результате слои с квадратами должны быть на режиме Перекрытие для ВСЕХ кадров. 
Можно проиграть анимацию. Если она прозрачная и плавная - все получилось. Если она где-то срывается на более белые квадраты, возможно, Вы не поставили на Перекрытие или неправильно выставили непрозарачность. 
Вот, что у меня вышло на данном этапе. 
[показать] 
Не очень, правда? Потому что это еще не конец. 
Часть 4 
Убираем нежелательную анимацию 
1. Анимация квадратов на теле и лице смотрится лишней. На некоторых исходниках можно делать квадраты для всей картинки, но не на нашем. 
Скопируйте слой с девушкой и переместите копию на самый верх. Анимация исчезнет. 
[показать] 
2. Создайте маску для верхнего слоя. 
[показать] 
3. Закрасьте небольшой мягкой черной непрозрачной кистью места, где вы хотите оставить анимацию. В данном случае, это фон. 
[показать] 
Если Вы в каком-то месте случайно просветили лишнее черным, то снова закрасьте белым. 
Теперь анимация будет только в тех местах, где нам нужно. То же самое можно сделать просто ластиком, но мне захотелось рассказать о том, как использовать маску слоя. 
Совсем другое дело, правда? 
[показать] 
А вот так аватар будет выглядеть если поверх всех слоев добавить еще несколько корректирующих. В данном случае, я добавила Кривые, Контрастность и Выборочную коррекцию цвета. 
[показать] 

Можно использовать другие узоры, цвета, параметры непрозрачности, количество кадров итд. Только принцип остается неизменным. 
Вот еще пару работ для примера. 
[показать] - здесь квадраты залиты градиентом. 
[показать] - здесь квадраты размыты. 
[показать] - здесь взят готовый узор и нет промежуточных кадров. 
Вариантов может быть масса. Надеюсь, кому-то этот урок пригодится. 

http://forum.rcmir.com/animacionnyj-jeffekt-kvadraty-avtorskij-topic1937596