В дистальных отделах тонкого кишечника увеличивается количество микроорганизмов, в основном за счет увеличения их плотности непосредственно на слизистой оболочке, а не в просвете; количество аэробных и анаэробных бактерий становится равным. Основным барьером для проникновения микроорганизмов из толстого кишечника является нормально функционирующий илеоцекальный клапан. Кроме того, увеличивается количество актиномицет и родственных им микроорганизмов, синтезирующих ряд витаминов и веществ, обеспечивающих повышение резистентности нормальной микрофлоры.