Впервые о кошках, похожих на сибирских, было упомянуто в публикациях в XVI в. Тогда их называли бухарскими. Их можно было встретить повсеместно в Российской империи.
Нет точных данных, когда и как бухарские кошки появились в Сибири. В то время коренные жители Сибири вели преимущественно кочевой образ жизни и не держали кошек. Можно предположить, что переселенцы из западной части России при освоении сибирских земель, привозили с собой и своих кошек. Возможно, бухарские кошки попали в Сибирь с торговцами из азиатских стран, с которыми в то время велась активная торговля. Вполне возможно, что у ангорских, сибирских и персидских кошек были общие предки — переселенцы из Малой Азии.
Сибирская кошка как порода стихийно сформировалась на территории приблизительно к востоку от Урала на территории Сибири, что способствовало появлению у сибирской кошки длинной плотной шерсти, оберегающей животное от холодов. При становлении породы определенную роль сыграли и дикие лесные коты.
В настоящее время порода является открытой, то есть допустимо оформление сертификата соответствия породе для животных неизвестного происхождения, внешне соответствующих стандарту породы.