Инфекционная теория утверждает, что язвы в желудке и двенадцатиперстной кишке вызывает микроб «хеликобактер пилори». Несмотря на серьёзные противоречия, эта теория получила широкое распространение, благодаря своей простоте и возможности использовать дорогостоящие лекарства для устранения (эрадикации) этого микроба. В годы наибольшей популярности этой теории с высокой трибуны утверждалось, что эрадикацию нужно проводить не только у больного, но и у всех членов семьи и у домашних животных, причем в России назначать эрадикационную терапию нужно, не разбираясь, есть ли у конкретного больного этот микроб, потому что у большинства есть.
 Эрадикационная терапия хеликобактера с помощью больших доз антибиотиков прочно вошла в стандарты лечения ЖКТ, хотя у 30-40% пациентов наблюдаются побочные эффекты в виде толстокишечного дисбиоза и антибиотико-ассоциированной диареи. Сейчас, несмотря на Нобелевскую премию, ажиотаж спадает. Опытные гастроэнтерологи считают хеликобактер всего лишь одним из десятка других факторов риска. Академик В.Т. Ивашкин на одной из конференций рассказал о зарубежных исследованиях, в которых было показано, что приём витамина С и бета-каротина (витамина А) компенсирует негативное действие хеликобактера на слизистую желудка. Однако, когда это дойдёт до рядовых врачей … .