1) Простой способ (не отличается особой надежностью):
создайте на всех съемных дисках новый каталог с названием autorun.inf
Вирус не сможет записать свой пусковой файл пока не удалит данный каталог. В подавляющем большинстве вирусов это не предусмотрено и способ по текущий день остаётся рабочим. Если вам не удаётся это сделать - скорее всего флешка уже заражена!
2) Чуть сложнее: отключение автозапуска.
Для Windows XP / Vista / 7 существует готовый reg файл (авторы - Лаборатория Касперского) который необходимо скачать и по двойному щелчку импортировать в реестр. После перезагрузки машины функция автозапуска отключается.
Для усиления защиты рекомендуется комбинировать с первым способом.
3) Использование специализированных программ.
Командой разработчиков Panda Security была выпущена бесплатная утилита Panda USB Vaccine (доступна локально). Установив её и нажав кнопку "Vaccinate computer" можно защитить свою машину. Для всех съёмных дисков данная программа создаёт неудаляемый файл autorun.inf что препятствует инфицированию съёмного диска в дальнейшем. На данный момент это одно из самых технологичных решений проблемы.
Утилита поддерживает только Windows 2000 / XP и не рекомендуется к применению на Vista / 7.
Само собой любая применённая защита не отменяет необходимость в антивирусных программах. Но помогает значительно снизить возможные риски от вирусов на флешке.
http://mvin.org.ua/main/1289-zaschita-kompyutera-ot-virusov-na-fleshke.html