Остання чверть. XV - кінець XVIII ст - останній період життя Мангупа. Після захвату фортеці турками (1475 р.) християнське населення швидко скорочується, повністю зникаючи до середини XVII ст. Невелика іудейська караїмська община з'являється тут ще в середині XV ст, значне зростання її доводиться на наступне століття. Вона забудовує обширний пустир довкола руїн великої базіліки і верхів'я ущелини Табана-дере, де будується синагога. У другій половині XVII ст, в місті залишається переважно караїмське населення. У 1791-92 рр. воно покидає Мангуп, частиною перебравшись в Чуфут-Кале. Тут поряд з кенасой місцевої общини була побудована нова, для прибульців.  Як показали розкопки, споруди садиб XVI - XVIII вв. були зведені з бутового необробленого і тесаного каменя, узятого з раніших зруйнованих будівель, у тому числі і базіліки. Зазвичай будинки були двокамерними. У приміщеннях і в дворах під навісами знаходилися тандири, купольні печі для випічки хліба і обігріву; вони типові для традиційного гірничо-кримського житла, добре відомого за етнографічними даними.  У верхів'ї Табана-Дере санаторий Кришталевий палац(Хрустальный дворец)розположене обширне караїмське кладовище, де збереглося більше тисячі надгробків, на багатьох з яких ще видно написи, виконані на староєврейській мові, що використовувалась караїмами для молитов і епітафій, розмовною ж служила мова близька до кримсько-татарської.
ОКОЛИЦІ
  Біля підніжжя Мангупа, під водою штучного озера, знаходяться руїни середньовічного поселення і великого християнського храму, базіліки, виявлені при ритті котловану і, на жаль, так і не доследженні археологами. Коли в кінці літа рівень води знижується, залишки храму знов являються на світ божий, щоб нагадати людям про своє існування, а потім навесні знов зникають в пучині. Скільки ще часу продовжиться цей сумний цикл? Свого часу частина каменів з базіліки була знята і перенесена на піднесене місце на околиці села з метою відтворення храму на незатоплюваному місці. Там вони лежать безладною купою і понині. санаторий Шахтер До честі місцевих жителів слід зазначити, що, не дивлячись на нужду в будівельному матеріалі, жоден камінь не був узятий звідси.

  Від озера відкривається прекрасна панорама північного фасаду Мангупа з виступаючими вперед обривистими мисами. Напроти нього, зліва, на крутому укосі, покритому осипами, височіє вертикальний обрив масиву Чардакли-Баїр, що становить в цьому районі корінну частину Внутрішньої Гряди, санаторий Шале Грааль до якої прив'язані всі печерні міста Криму. Колись, декілька десятків мільйонів років назад, Мангупськоє плато і цей масив складали єдине ціле, але потім тектонічними і ерозійними процесами вони були розведені обширною крізною долиною, яка іменується або Джан-Дере, або по розташованому в ній селу Ходжасалінською. Так Мангуп перетворився на великий, складений мшанковими вапняками останець, або гору-свідока, з висотою без малого на 600 м над рівнем моря.
МАНГУП - ПЕЧЕРНА ЦЕРКВА НА ГАЛЯВИНІ КІЛЬСЕ-ТУБЮ

  Якщо ви знаходитеся поряд з Дівочим озером, то ви можете оглянути церкву в Кільсе-Дере. Це маленький храм, висічений в уламці скелі. Щоб пройти до нього, необхідно пройти через т/с МАНГУП до підніжжя Чардакли-Баїр. Потім по стежці, що йде по схилу Чардакли-Баїр в північному напрямі, піднятися на схил вищезазначеної гори. Приблизно через хвилин 5-10 ви і побачите в уламці скелі висічений храм. У вівтарній частині храму можна побачити ледве помітні залишки фрескового розпису.
   Церква розташована на схилі балки Корув-Дере (Загороджений яр), або Кільсе-Дере (Церковний яр), що прорізає південний схил куести Чардакли-Баїр напроти мису Чамну-Бурун Мангупського плато. Храм вирубаний в Трускавец санатории окремо стоячому уламці скелі, що відірвався від корінного масиву. Наос має прямокутну в плані форму. У північній стіні прорубано велике квадратне вікно, а в західній - сильно зруйнований дверний отвір зі слідами пазів для дерев'яної дверної коробки. Фреска в апсиді до сьогодення збереглася дуже погано. За свідченням М.Репникова, що бачив її в 30-і рр., тут був ізбражен Деісус на синьому фоні. У складі композиції були: Христос, що сидить на престолі. Богородиця і Іоан Предтеча, що стоять в повний зріст. Дослідник по зовнішніх ознаках датував розпис кінцем XIV або початком XV ст.