Чтобы включить cross-compiling при компилировании нового приложения в операционной системе Linux надо в терминале к команде добавить опцию вот таким образом.

sudo ./configure -host=x86_64-w64-mingw32;

Эта опция для архитектуры процессора x86_64, или архитектуры операционной системы x86_64, для других типов архитектуы вписывается другое имя компилятора. Имена компиляторов можно посмотреть в каталоге с установленными программами компиляторов.