Период Муромати (1333 - 1573
)К 1333 году влияние регентов Ходзё упало настолько, что император Годайго смог восстановить прежнюю власть императора и сместить сёгунат Камакура. Однако возрожденные во время Реставрации Кэмму (1334 год) имперские министерства долго не просуществовали из-за устаревшего государственного аппарата, а некомпетентные министры не нашли поддержки среди могущественных землевладельцев.
Асикага Такаудзи, ранее сражавшийся вместе с императором, восстал против двора и завоевал Киото в 1336 году. Годайго бежал на юг в Ёсино и основал там Южный двор. В то же время в Киото взошел на престол другой император. Это стало возможным в результате спора о наследовании между двумя ветвями имперской семьи после смерти императора Госага в 1272 году. В 1338 году Такаудзи сам назначил себя сёгуном и основал в Киото новое правительство. Район Муромати, где с 1378 года находились правительственные здания, дал название всему историческому периоду.
Два императорских двора (Южный и Северный) просуществовали в Японии более полувека. Они вели бесконечные войны друг против друга. Обычно Северный двор оказывался сильнее, но все же Южному двору удалось несколько раз ненадолго захватить Киото. Южный двор окончательно сдался в 1392 году, и страна снова объединилась под властью императора и сёгунов Асикага. В период правления сёгуна по имени Асикага Ёсимицу (1368 - 1408) сёгунат Муромати еще мог контролировать центральные провинции, но потерял свое влияние на остальных землях.
Ёсимицу установил хорошие торговые связи с Китаем династии Мин. Внутренний валовой продукт рос за счет развития сельского хозяйства и новой, более эффективной схемы наследования. Как следствие, развивалась торговля, появлялись новые города и социальные группы. В течении XV и XVI вв. влияние сёгунов клана Асикага и правительства в Киото практически свелось к нулю. Новыми игроками на политической сцене периода Муромати стали небольшие кланы воинов-землевладельцев - "дзи-самураи". Начав объединяться, они быстро превзошли по силе губернаторов и полицию, а некоторые распространили свое влияние на целые провинции.
Этих новых феодалов называли "даймё". Они поделили между собой Японию и несколько десятков лет безостановочно сражались друг с другом (период Сэнгоку Дзидай - "Гражданских войн"). Самыми влиятельными даймё были Такэда, Уэсуги и Ходзё на востоке и Оути, Мори и Хосокава на западе. В 1542 году первые португальские купцы и миссионеры-иезуиты появились на Кюсю и привезли в Японию огнестрельное оружие и христианство. Иезуит Франциск Ксавье приехал в Киото с миссией в 1549-1550 годах. Многие даймё приняли христианство, так как были заинтересованы в развитии торговых отношений с заокеанскими странами (в первую очередь речь шла о закупках оружия). Миссия на Кюсю успешно расширяла свое влияние. В середине XVI века даймё все чаще и чаще стремились получить власть над всей страной. Самым везучим из них оказался Ода Нобунага.