Во время осады Иерусалима Иосиф несколько раз выступал парламентёром, убеждая своих соотечественников отдаться во власть римлянам, даже «со слезами» умолял их о том. После взятия Иерусалима в 70 году Тит по просьбе Иосифа отдал ему священные книги и освободил 190 человек, запершихся в Храме.
Последние годы своей жизни Иосиф провёл при дворе римских императоров. Веспасиан возвёл его в звание римского гражданина, подарил ему поместья в Иудее и дал ему помещение в Риме в своём прежнем дворце. Тит и Домициан продолжали покровительствовать Иосифу Флавию. Год смерти Иосифа Флавия неизвестен. Проводя спокойную жизнь при дворе римских императоров, Иосиф Флавий занялся литературным трудом.