По умолчанию Windows Explorer открывает все папки в рамках одного процесса. Вы можете изменить это в настройках вида папки, но тогда в новом процессе будут запускаться все новые папки. В Windows Explorer в Windows 7 вы можете запустить выборочные папки в отдельном процессе:
Щелкните правой кнопкой по папке, которую вы хотите открыть в новом процессе, держа при этом зажатой кнопку Shift
Выберите пункт Open in New Process