В 1С 80 есть недооцененная пока еще до конца возможность выгрузки/загрузки большей части конфигурации в файлы.
Это пункты меню:
* Конфигурация - Выгрузить файлы конфигурации
* Конфигурация - Загрузить файлы конфигурации
Выгружать можно текстовые модули, MXL-макеты и содержимое справки в формате HTML.
Таким образом можно предусмотреть такой способ обновления типовой конфигурации:
1. Типовая конфигурация выгружается в файлы.
2. Файлы обрабатываются обработками (достаточно простыми, потому что они работают с файлами txt, mxl, html). mxl файлы можно обрабатывать обработками 1С 80, сначала загрузив макет, потом его сохранив. Остальные файлы можно обрабатывать в любой программе.
3. Полученные файлы загружаются обратно в конфигурацию.
4. Производится обновление текущей конфигурации полученной.

К сожалению, из конфигурации пока (?) не выгружаются права доступа и формы.
Что касается форм, можно таким образом подходить к программированию изменений в типовые формы, чтобы нужные элементы типовых форм создавались программно. Тогда эти изменения можно сделать на уровне текстов модулей.