Заводим специального пользователя ROBOT с полными правами без каталога (чтобы можно было запускать несколько роботов сразу).
При запуске программа проверяет, что это имя ROBOT, далее анализируется переданный через командную строку параметр, содержащий имя файла, из этого файла считывается текст и передается напрямую в команду Выполнить.
Так что ROBOT может выполнять ВСЕ задачи на ночь и не нужно менять конфигурацию, чтобы дать ему другую задачу - все управляется из командной строки.